適格請求書等保存方式では、振込手数料の取扱いについて、下記のように公表されております。
売手からの代金請求について、取引当事者の合意の下で買手が振込手数料相当額を請求金額から差し引いて支払うことで売手が負担する商慣行がありますが、この売手が負担する振込手数料相当額について、適格請求書等保存方式の開始後、売手が代金請求の際に既に適格請求書を交付している場合、必要となる対応は、取引当事者間の契約関係等によって分けられます。
売手が振込手数料相当額を売上値引きとする場合がありますが、売手は、振込手数料相当額について売上値引きとする場合、売上に係る対価の返還等を行っていますので、原則として、買手に対して適格返還請求書を交付する必要がありますが、一般的には、こうした振込手数料相当額は１万円未満となると考えられますので、その場合は適格返還請求書の交付義務が免除されることになります。
例えば、売上値引き（振込手数料）の金額が５５０円の場合、その売上値引きに係る適格返還請求書の交付は必要ありません。
なお、売手が買手に対して売上に係る対価の返還等を行った場合の適用税率は、売上に係る対価の返還等のもとになる課税資産の譲渡等の適用税率に従うため、軽減税率（８％）対象の課税資産の譲渡等を対象とした振込手数料相当額の売上値引きには、軽減税率（８％）が適用されます。
また、振込手数料相当額について、売手が買手から「代金決済上の役務提供（支払方法の指定に係る便宜）」を受けた対価とする場合がありますが、売手の買手に対する課税資産の譲渡等と、買手の売手に対する代金決済上の役務の提供は、それぞれ異なる課税資産の譲渡等となります。
したがって、売手は、請求金額から差し引かれた振込手数料相当額について、仕入税額控除の適用を受けるためには、買手から交付を受けた適格請求書の保存が必要となります。
その他、買手が売手に代わって振込手数料を立替払した場合、売手は、買手が金融機関から受け取った振込手数料に係る適格請求書及び買手が作成した立替金精算書等の交付を受け、振込手数料に係る仕入税額控除を行うことになります（この場合、買手が請求金額から差し引く金額が金融機関の振込手数料と同額の必要あり）。
（注意）
上記の記載内容は、令和５年８月４日現在の情報に基づいて記載しております。
今後の動向によっては、税制、関係法令等、税務の取扱い等が変わる可能性が十分ありますので、記載の内容・数値等は将来にわたって保証されるものではありません。
