補助事業に伴う補助金収入は、消費税法上の不課税取引に該当する一方、補助事業に伴う事業経費は、控除対象仕入税額として仕入税額控除することも可能ですので、消費税の処理にはご注意ください。
例えば、課税事業者であるＡ社が購入した機械３３０万円（税抜き３００万円）に関してものづくり補助金の受給額は、購入価額の３分の２相当額２００万円となります。
しかし、後日、受領した補助金のうち消費税等相当額を返還しなければならないケースもありますので、ご注意ください。
補助金の申請が、税抜き金額であれば、認定された補助金において消費税等相当額の返還の必要はありませんが、認定された補助金額に消費税等が含まれている場合には、消費税等相当額の補助金の返還が必要になる可能性があり、控除対象仕入税額のうち補助金に係る部分については、返還を求められるケースもあります。
なお、補助事業に伴う補助金の申請は、課税事業者、免税事業者や簡易課税制度を選択している事業者、課税売上割合が９５％未満の事業者など、申請する事業者の状況によって対応が異なります。
補助事業者が、課税事業者として補助金の交付を受けて補助事業を実施するにあたり、課税仕入れを行い、確定申告の際に仕入税額控除した場合、その補助事業者は仕入れに係る消費税額を実質的に負担していないことになるため、補助を行っている国等からみた場合、補助金を助成しつつ、補助金に係る部分の還付も行っていることから、消費税の控除対象仕入税額と補助金の交付額が重複すると考えられます。
上記の税込み３３０万円の機械導入のケースでみてみますと、Ａ社は課税事業者であり、３３０万円に含まれる消費税３０万円を売上で預かっている消費税から差し引いて納税します。
しかし、消費税込みの補助金額２２０万円を受給していた場合には、国等に納めるべき消費税等と重複して補助が行われた形になるため、消費税の確定申告において控除対象仕入税額に算入した金額に関しては、補助金の返還が求められるということになります。
補助金の申請時に自社の消費税の課税状況を把握したうえで、申請を行う必要がありそうです。
（注意）
上記の記載内容は、令和４年３月１日現在の情報に基づいて記載しております。
今後の動向によっては、税制、関係法令等、税務の取扱い等が変わる可能性が十分ありますので、記載の内容・数値等は将来にわたって保証されるものではありません。
