２０１９年度税制改正における適用期限の延長に伴い、中小企業者等の法人税率の特例については、中小企業者のうち適用除外事業者に該当するものは、その該当する事業年度においては適用を停止することとされました。
この適用除外事業者とは、基準年度の所得の金額の年平均額が１５億円を超える法人をいうこととされており、国税庁では「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）を同庁ＨＰにおいて公表して趣旨説明しております。
それによりますと、この適用除外事業者の判定に当たっては、この年平均額は、基本的には、各基準年度の確定申告書に記載された所得の金額により計算しますが、確定申告により一旦確定した所得の金額が修正申告や更正により変更された場合には、その変更後の所得の金額をもってその年平均額を再計算することとなるのか、それとも当初の確定申告書に記載された所得の金額から計算した年平均額でよいのか疑問が生じるところです。
この点については、所得の金額に変更があった場合に当初の確定申告書記載の所得金額により計算した年平均額とする特段の規定はないので、各基準年度の所得金額が変更された場合には、この年平均額はその変更後の正当額により計算し、それ以前の判定で適用除外事業者に該当しなかった法人が改めて適用除外事業者に該当することとなれば、遡って中小企業向け租税特別措置の適用を受けることはできないとの考えを示しております。
また、この適用除外事業者の判定に当たっては、過去３年以内に合併等が行われたこと等の一定の事由がある場合には、調整計算を行うこととされているため、例えば、基準年度における被合併法人の所得の金額につき修正申告や更正により変更されることもあり得ますが、その場合には、その変更後の各事業年度の所得の金額をもってその年平均額を計算することを改正通達の注書において明らかにしていると説明しておりますので、該当されます方はご確認ください。
（注意）
上記の記載内容は、令和３年４月５日現在の情報に基づいて記載しております。
今後の動向によっては、税制、関係法令等、税務の取扱い等が変わる可能性が十分ありますので、記載の内容・数値等は将来にわたって保証されるものではありません。
