消費税の課税対象は、①「国内において事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡等(資産の譲渡、資産の貸付け、役務の提供)」と②「保税地域から引き取られる外国貨物」とされています。前者は国内取引、後者は輸入です。
 消費税は、あくまで「国内消費税」という位置づけがなされているので、国外取引は課税対象外(不課税)ということになります。
 したがって、納付すべき消費税は、原則、国内における課税資産の譲渡等に係る消費税から国内における課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物に係る消費税の合計額を控除して算出します。控除不足額が生じれば、消費税額は還付です。

◇事業活動が海外、国内本店は指令機能
 最近では、中小企業でも第三国間取引や海外での事業活動(現地調達、現地生産、現地販売等)の比重が増え、国内の本店は指令機能しか有しない場合もあります。極端なケースでは、国内での課税資産の譲渡等に係る消費税がほとんどなく、本店の事業は、金融資産の運用益たる受取利息といった、非課税売上のみということにもなりかねません。このような場合、国内での課税資産の譲渡等に係る消費税額がないので、国内における本店運営費等(人件費を除く)の課税仕入れに係る消費税額が控除できなくなるのではないかという懸念があります。

◇課税売上割合と課税資産の譲渡等
 課税売上割合は、国内における資産の譲渡等の対価の額の合計額と国内における課税資産の譲渡等の対価の合計額とをベースに計算することになっています。
  一方、課税資産の譲渡等とは、非課税売上として消費税法6条に規定されているものを除き、その譲渡等の場所が国内、国外を問わないことになっています。したがって、国外での事業収入のほとんどが課税資産の譲渡等に該当します。
 それゆえ、国内での課税資産の譲渡等に係る消費税額がなくても、個別対応方式により(課税売上割合が95%に満たない場合の仕入れ税額控除の規定)、国内における課税仕入れに係る消費税については、「課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入」として、その関連付けを明確にすることにより仕入税額控除が可能です。