2016年度税制改正において、通勤手当の非課税限度額が月額15万円(改正前10万円)に引き上げられ、2016年1月1日以後に支払われるべき通勤手当から適用されております。
 このうち、政令施行前の1月1日から3月31日までに支払われるべき通勤手当で、改正後の新規定を適用した場合に過納となる税額については、今年の年末調整の際に精算を行います。

 具体的な手続き、手順として、
①既に改正前の非課税規定を適用したところで所得税等の源泉徴収をした(課税された)通勤手当のうち、改正後の非課税規定によって新たに非課税となった部分の金額を計算
②「2016年分給与所得・退職所得に対する源泉徴収簿」の「年末調整」欄の余白に「非課税となる通勤手当」と表示して、①の計算根拠及び今回の改正により新たに非課税となった部分の金額を記入
③源泉徴収簿の「年末調整」欄の「給料・手当等」欄に、給料・手当等の総支給金額の合計額から②の新たに非課税となった部分の金額を差し引いた後の金額を記入

④改正後の非課税規定によって新たに非課税となった部分の金額が、本年の給与総額から一括して差し引かれ、その差引後の給与の総額を基に年末調整を行う
 一方で、経理システムが間に合わないなどの理由で改正への対応ができず、政令施行日である4月1日以後に支払われる通勤手当についても、改正前の非課税規定で支払ってしまう場合もあります。
 この場合には、年末調整による精算で処理するのではなく、旧規定による源泉徴収を行った後速やかに誤納還付請求を行うことで、新規定を適用した場合の差額の還付を受けることができる模様です(詳しくは、所轄税務署にお問い合わせください)。
 例えば、2015年12月31日までに支払われるべき通勤手当で、2016年1月1日以後に支払われるものは、旧規定の適用となります。

 また、2016年1月1日から3月31日までに支払われるべき通勤手当で、3月31日までに支払われるものは新規定となりますが、旧規定適用の場合は年末調整での処理となります。
 そして、2016年4月1日以後に支払われるものは新規定が適用されますが、旧規定適用の場合は、還付請求を行うことで処理することになります。

(注意)
 上記の記載内容は、平成28年9月1日現在の情報に基づいて記載しております。
 今後の動向によっては、税制、関係法令等、税務の取扱い等が変わる可能性が十分ありますので、記載の内容・数値等は将来にわたって保証されるものではありません。